A invenção dos instrumentos ópticos de observação, nos finais do século XVI e princípios do século XVII, contribuiu de forma relevante para o desenvolvimento da ciência.
Já na antiguidade foram utilizadas lentes como vidros de aumento, bem como o monóculo.
Em 1590, o fabricante holandês, Zacharias Janssen, e seu filho utilizaram uma combinação de várias lentes para aumentar o poder de ampliação dos objectos. Este primeiro microscópio rudimentar só conseguia uma ampliação cerca de 10 vezes.
A primeira obra científica a fazer referência à utilização do microscópio é a de Francisco Stelluti, publicada em Roma, em 1025, quando observou a estrutura do olho da abelha.
Pierre Borel foi o primeiro cientista a utilizar o microscópio na investigação médica, em 1655. Este cientista refere a existência de seres vivos semelhantes a vermes, no sangue de doentes com febre.
Marcello Malpighi (1628-1694) e Antony van Leeuwenhoek (1632-1723) foram considerados os dois cientistas mais célebres na microscopia do século XVII.
Leeuwenhoek era um fabricante de roupa que passava o tempo livre a fabricar lentes para microscópios. As suas lentes eram tão eficientes que foram usadas até ao século XIX. Autodidacta e sem conhecimento do Latim, tinha dificuldades em obter informações sobre o desenvolvimento científico. No entanto, conseguiu fabricar microscópios cujo poder de ampliação era cerca de 270 vezes. Reconheceu a existência de corpúsculos no sangue, que foram identificados, por Malpighi, como "glóbulos de gordura". Observou a presença de estrias no músculo esquelético e a existência de seres vivos de pequeno tamanho, em infusões.
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